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尊龙凯时肽核酸(PNA)序列设计指南

发布时间:2025-02-17   信息来源:尊龙凯时官方编辑

在生物医学研究中,设计合成PNA(肽核酸)序列时,应遵循以下具体规则以确保其效果和稳定性。

尊龙凯时肽核酸(PNA)序列设计指南

设计规则

长度:一般情况下,合成的PNA序列长度不应超过18个碱基,此长度不包括接头、氨基酸和标记物。

氨基酸的添加:可以在序列的N端或C端连接赖氨酸或半胱氨酸。

嘌呤含量:PNA中嘌呤含量过高可能导致聚合反应并影响水溶性。因此,建议将嘌呤含量控制在60%以下。例如,序列GATTAGCAGTCTACG是可行的(嘌呤含量<60%)。需要避免连续嘌呤超过4个,以及鸟嘌呤超过3个。比如,ATTAGGGGCATCTAC(序列不可行,因含有连续4个G)。对于互补链,也需要遵循这些原则。

避免自我互补序列:反向重复、发夹和回文序列应尽量避免。由于PNA/PNA之间的相互作用强于PNA/DNA,这些探针类型易于聚合。允许四个碱基的互补,但不应仅含C和G。如序列GATAATTGCA(可行),而GATCCGGTAC(不可行,仅含CCGG互补)。对于6个及以上碱基的互补,原则上是不可行的,除非它们之间有其他碱基间隔。

总体规则:推荐设计反向平行的PNA探针。PNA能在任一方向形成双链,但反向平行的构象是最优的,尤其适用于反义和DNA探针的应用。这种方式下,PNA探针的N端与DNA的5’端对应。PNA的熔点(Tm值)与DNA有所区别,因为PNA链是不带电的,因此PNA-DNA的Tm值通常比对应的DNA-DNA高。在100mM NaCl条件下,每增加一个碱基,Tm值大约提高1°C。在低盐浓度下,Tm值的差异更加明显。一般情况下,10个碱基的PNA Tm值约为50°C,而15个碱基的PNA Tm值则约为70°C。

订购信息:我们建议选择长度为12至17个碱基的PNA序列,以满足具体应用需求。与DNA应用相比,PNA探针所需序列通常较短。长链PNA由于序列原因,易于聚合,难以纯化和表征,但短序列通常特异性更强。您可以将具体需求发送给尊龙凯时,我们将及时为您反馈。最低订购量为未标记PNA 20nmole,标记PNA 10nmole。我们提供90%和95%的纯度可供选择,并提供HPLC纯度分析和质谱分析报告。交货时间一般为2-3周,特定的gammaPNA或修饰标记的交货时间为3-4周。

相关研究引用

如需了解使用尊龙凯时 PNA的已发表研究文献,请参考以下几篇:

  • Exponential Increase in an Ionic Signal: A Dominant Role of the Space Charge Effect on the Outer Surface of Nanochannels. Anal Chem | 28 Sep 2021
  • Peptide Nucleic Acid-Functionalized Nanochannel Biosensor for the Highly Sensitive Detection of Tumor Exosomal MicroRNA. Anal Chem | 30 July 2021
  • Ultrasensitive Exosomal MicroRNA Detection with a Supercharged DNA Framework Nanolabel. Anal Chem | 2 April 2021

所有序列信息请参见相关文献。